O Colégio de Procuradores é o Órgão de Administração Superior do Ministério Público de Contas, composto por todos os Procuradores de Contas e presidido pelo Procurador-geral de Contas. O Colégio se reúne, ordinariamente, uma vez por mês e extraordinariamente, por convocação do Procurador-geral ou por proposta de qualquer de seus integrantes. Foi regulamentado pela Resolução n° 003/2013.
Compete ao Colégio opinar sobre matérias relativas à autonomia do Ministério Público de Contas e outras de interesse institucional e, ainda, propor a criação de cargos e serviços auxiliares, criação e modificações na sua Lei Orgânica e providências relacionadas ao desempenho das funções institucionais.
Uma das principais atribuições do Colégio de Procuradores é, em reunião, eleger o Procurador-geral de Contas e o Procurador-geral Substituto para a gestão do Ministério Público de Contas.