O Ministério Público de Contas é um órgão secular, criado em 1892, por meio do Decreto nº 1.166, que instituiu o Tribunal de Contas da União.
Em Mato Grosso, o Ministério Público de Contas (MPC-MT) foi implantado em janeiro de 2009. É composto por quatro Procuradores de Contas aprovados em concurso público de provas e títulos, sob a chefia do Procurador-geral de Contas.
Trata-se de um Ministério Público Especial que atua junto ao Tribunal de Contas do Estado. Um órgão permanente incumbido da defesa, fiscalização e controle externo contábil, financeiro, orçamentário, operacional e patrimonial, essencial às funções da administração pública do estado e municípios de Mato Grosso.
O MPC-MT atua em todos os processos que tramitam perante o Tribunal de Contas do Estado (TCE-MT), na fiscalização financeira, orçamentária e patrimonial da Administração Pública do Estado de Mato Grosso e de seus 141 municípios.
Em 2009 a instituição iniciou o processo de estruturação do MP de Contas com Gustavo Coelho Deschamps como Procurador-geral de Contas. Em 2011, sob a coordenação do Procurador Alisson Carvalho de Alencar, o MPC-MT conquistou autonomia financeira, orçamentária e a criação de cargos efetivos para o quadro de servidores.
Em 2013, o Ministério Público de Contas sob o comando do Procurador-geral William de Almeida Brito Júnior e do Procurador-geral Substituto Getúlio Velasco Moreira Filho teve o papel de continuar os projetos desempenhados e inovou com o lançamento do Plano Estratégico 2013-2014, inauguração do novo espaço físico da Procuradoria-Geral e realização de concurso público para o cargo de analistas de contas – especialidade Direito.
Em 2015, o Procurador Gustavo Deschamps volta ao comando da instituição e, junto com o Colégio de Procuradores realiza diversas ações no sentido de valorizar os servidores e oferecer serviços de qualidade à sociedade, tanto na priorização da implementação do Planejamento Estratégico de Longo Prazo (2015-2020), quando no início da obra de construção do novo anexo do MPC, junto ao prédio administrativo do TCE-MT.
Em 2017, o Procurador Getúlio Velasco Moreira Filho assumiu a instituição com a missão de continuar o processo de fortalecimento institucional do MPC em favor do combate à corrupção e tutela do patrimônio público.
Em 2019, Alisson Carvalho de Alencar retorna à Procuradoria-geral do Ministério Público de Contas para comandar a instituição no período em que completa 10 anos em Mato Grosso. Com o foco no aprimoramento do exercício do Controle Externo, o MPC se coloca como uma instituição voltada para a tecnologia no combate ao mau uso dos recursos públicos.